El virus de la hepatitis C (VHC) se descubrió en 1989. Su descubrimiento se debió por entero a la biología molecular. Nadie ha conseguido jamás ver el VHC con un microscopio electrónico, y cuanto conocemos de su existencia se basa exclusivamente en la clonación de su material genético.

Con anterioridad al descubrimiento del VHC, existía un tipo de hepatitis infecciosa conocida como «hepatitis ni A ni B». Las personas con esta enfermedad presentaban signos clínicos o analíticos de hepatitis, pero sin indicios de infección por los virus de la hepatitis A o B.

En los estudios con pacientes que padecían hepatitis ni A ni B se observó una asociación entre la enfermedad y los antecedentes recientes de transfusión sanguínea o drogadicción por vía parenteral. En 1989, los científicos consiguieron identificar el VHC como su agente causal. El hecho de que los investigadores hayan descubierto al menos seis cepas o genotipos distintos del VHC complica aún más el asunto.